Le marais Poitevin est un vaste territoire de 100 000 hectares avec des espaces fort différents les uns des autres.

Il convient en premier lieu de distinguer les marais dits « desséchés » et les marais dits « mouillés ».

Les marais « desséchés » :

correspondent aux 2/3 de la surface du marais Poitevin.

Ce sont des espaces, le plus souvent issus des marais maritimes, qui sont ceinturés de digues destinées d’une part à lutter contre les risques de submersions marines à leur aval, d’autre part à se protéger des crues des bassins versants à leur amont. Les îlots ainsi constitués, drainés par des fossés et des canaux, sont gérés hydrauliquement de manière autonome. Il s’agit d’espaces où la gestion de l’eau est constante et sécurisée.

En période estivale, afin de maintenir les niveaux d’eau dans les fossés, ces marais sont en général réalimentés à partir de leur amont. Les marais desséchés sont caractérisés par de grandes parcelles, couvertes de prairies ou de cultures, ne comportant pas ou peu d’arbres.

Les marais « mouillés » :

représentent 1/3 de la surface du marais Poitevin.

Ce sont des espaces qui ont vu leur caractère inondable renforcé du fait des aménagements et de la protection des marais desséchés. En effet, quand les eaux pluviales arrivent massivement
de la plaine ou du bocage, elles ne peuvent pas être évacuées aussi rapidement à la mer en raison de la très faible pente du territoire et de l’alternance des marées (le niveau du marais étant bas, l’évacuation ne peut se faire que par intermittence, à marée basse).

La persistance de zones tampon est apparue inévitable dans le fonctionnement hydraulique de l’ensemble du marais Poitevin. Néanmoins, les marais mouillés accueillent de nombreuses habitations et activités économiques. S’ils peuvent s’accommoder localement et temporairement des débordements de rivière (cas de la « Venise verte » en bordure de Sèvre Niortaise) ou des résurgences des nappes en bordure de plaine, ils redoutent les grosses inondations dont les risques sont majeurs.

Les équilibres sont fragiles et quelques centimètres d’eau suffisent pour passer
d’une situation de crue acceptable à une inondation dévastatrice pour les biens et les personnes.
La gestion hydraulique et les aménagements visent à réduire au maximum ces risques. Les marais mouillés sont divers. Ils peuvent être caractérisés par un maillage dense de fossés, de petites parcelles appelées « terrées » quand elles sont plantées d’arbres et « mottes » quand elles sont en culture ou au contraire d’immenses parcelles en prairie dépourvues de tout arbre pouvant dépasser 100 hectares (marais communaux).

A l’intérieur et en bordure du marais Poitevin, se trouvent des terres hautes sur
calcaire :

anciennes îles du golfe des Pictons sur lesquelles se sont construits les bourgs, et les plaines de pourtour.

La baie de l’Aiguillon est une baie maritime vers laquelle converge l’essentiel des eaux du marais.

Dans cette Baie, la mer amène avec elle à chaque marée, c’est à dire deux fois par jour, une quantité considérable d’alluvions provenant en grande partie de la Gironde 150 km plus au sud. Ces alluvions se déposent à un rythme que l’on estime de 1 cm par an avec pour conséquence l’exhaussement des terrain et le retrait de la mer de 20 à 25 m par an. La baie de l’Aiguillon est donc le reliquat de l’ancien « Lac des deux corbeaux » ou « Golfe des Pictons ».

Ainsi, des espaces maritimes sont progressivement comblés par la vase, colonisés par la salicorne, c’est le « slikke » recouvert régulièrement par les marées, puis par la puccinellie c’est le « schorre » ou prés salés ici appelés mizottes.